Die Sammlung des MGKSiegen präsentiert international bedeutende Kunstwerke von 1915 bis heute. Aktuell umfasst die Sammlung einen Bestand von 400 Werken, darunter einige umfangreiche Werkgruppen und Konvolute. Einzigartige Gemälde und Grafiken werden durch herausragende fotografische Serien und Mappenwerke sowie installative und zeitbasierte Arbeiten der 1960er Jahre bis heute ergänzt.
Zu den Höhepunkten der Museumssammlung zählen die Arbeiten der Sammlung Lambrecht-Schadeberg, die repräsentative Werke aller bisherigen vierzehn Rubenspreisträger*innen der Stadt Siegen umfasst, darunter Arbeiten von Hans Hartung, Giorgio Morandi, Francis Bacon, Antoni Tàpies, Fritz Winter, Emil Schumacher, Cy Twombly, Rupprecht Geiger, Lucian Freud, Maria Lassnig, Sigmar Polke, Bridget Riley, Niele Toroni und Miriam Cahn. Mit ihren Gemälden, Grafiken, Fotografien und Skulpturen bietet die Sammlung Lambrecht-Schadeberg einen einzigartigen Zugang zur Malereigeschichte der Gegenwart.
Im zweiten Sammlungsbereich, der Sammlung Gegenwartskunst, dominieren die Medien Fotografie, Video und Installation. Jene Künstler*innengeneration, die in den 1960er Jahren die Auflösung der Gattungen betrieben hatte (Bernd und Hilla Becher, Terry Fox, Hans Haacke, Nancy Holt, Nam June Paik, Otto Piene, Charlotte Posenenske, Yvonne Rainer, William Wegman, Stephen Willats u. a.), tritt hier exemplarisch in einen Dialog mit jüngeren Künstler*innen, beispielsweise Mariana Castillo Deball, Bernhard Fuchs, Katharina Grosse, Candida Höfer, Aglaia Konrad, Jochen Lempert, Armin Linke, Stefan Panhans oder Diana Thater.