Das Museum für Gegenwartskunst Siegen hat die Organisationsstruktur einer gemeinnützigen GmbH, gebildet aus fünf Gesellschaftern.
Gesellschafter
Peter Paul Rubens-Stiftung, vertreten durch Museumsmäzenin Barbara Lambrecht-Schadeberg
Universitätsstadt Siegen, vertreten durch Kulturdezernent Arne Fries
Universität Siegen, vertreten durch Kanzler Ulf Richter
Kreis Siegen-Wittgenstein, vertreten durch Jens von Heyden, Leiter Kultur!Büro
Kunstverein Siegen, vertreten durch Jennifer Cierlitza
Aufsichtsrat
Prof. Dr. Christian Spies, Vorsitzender
Arne Fries, Stellvertretender Vorsitzender
Hans-Heinrich Grosse-Brockhoff
Ulf Richter
Wilfried Groos
Die Peter Paul Rubens-Stiftung, die Universität Siegen als auch die Stadt Siegen spielen eine besondere Rolle innerhalb der Museumsstruktur.
Die Peter Paul Rubens-Stiftung wurde im Juni 1997 gegründet. Ihr Ziel ist die Förderung von Kunst, Kultur, Wissenschaft und Forschung, wobei sie ihre Hauptaufgabe zunächst darin sieht, den laufenden Betrieb des Museums für Gegenwartskunst Siegen zu ermöglichen. Darüber hinaus verwaltet die Stiftung die Sammlung Lambrecht-Schadeberg mit den Rubenspreisträgern der Stadt Siegen, die sie - gleichsam als Leihgeberin - dem Museum für Gegenwartskunst Siegen dauerhaft zur Verfügung stellt.
Die Stadt Siegen übergab dem Museum das Gebäude am Unteren Schloss für seine Ausstellungen und Sammlungen. Zudem arbeiten Stadt und Museum beim städtischen Rubenspreis und Rubensförderpreis eng zusammen. Seit Museumseröffnung 2001 finden die Ausstellungen der neuen Rubenspreisträger im Museum statt. Zeitversetzt, gleichfalls alle fünf Jahre, kooperieren Stadt und Museum bei der Preisverleihung und Ausstellung des neuen Rubensförderpreisträgers.
Die Universität Siegen ist seit 1999 Kooperationspartner des Museums. Die Kooperation stützt sich auf eine enge Anbindung der Fächer Kunstgeschichte / Kunstpädagogik und Medienwissenschaft, sowie einer Reihe von interdisziplinär arbeitenden universitären Forschungsgruppen und Institutionen. Insbesondere für die Studierenden dieser Fächer wird die Auseinandersetzung mit dem Museum zu einem wesentlichen, praxisorientierten Bestandteil der Ausbildung.